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PYMOL SCARICARE

Posted on Author Samulkree Posted in Multimedia


    Contents
  1. pymol-1.4.1_python pymol-1.4.1 download
  2. Oh no! Some styles failed to load. 😵
  3. Caricato da
  4. 7. Introduzione a PyMol

download pymol windows, pymol windows, pymol windows download gratis. PyMOL. rc6 per. Windows. DeLano Scientific LLC. 1. Scarica l'ultima versione di PyMOL per Windows. Vsualizzare modelli molecolari per progetti scientifici. PyMol è uno strumento complesso progettato per i. safeguardproject.info, dal quale è possibile scaricare i pacchetti di installazione per i sistemi operativi. Linux, MAC OS X e Windows. Una volta installato, è possibile. pdb, anche se con PyMol è possibile leggere moltissimi altri formati) sia già presente nel nostro computer (scaricato, ad esempio, da Protein Data Bank) e non.

Nome: pymol
Formato:Fichier D’archive
Sistemi operativi: MacOS. Android. iOS. Windows XP/7/10.
Licenza:Gratuito (* Per uso personale)
Dimensione del file: 56.33 MB

PyMol un programma di grafica e modellistica molecolare open source ed estendibile attraverso limplementazione di script in linguaggio Python appendice A. Grazie alle numerosissime funzioni di cui dispone, alla facilit di utilizzo, allottima resa grafica e alla capacit di generare immagini e filmati di alta qualit, PyMol si affermato come standard nellambito della grafica e modellistica molecolare.

Una volta installato, possibile avviare PyMol cliccando due volte sullicona relativa. Allavvio, compariranno due finestre: La prima finestra, chiamata PyMol External GUI GUI lacronimo di Graphical User Interface , contiene nella parte superiore un men attraverso il quale possibile accedere a finestre di comandi, nella parte centrale un resoconto log dei comandi eseguiti, nella parte inferiore unarea per linserimento di comandi testuali Command Input Area; questultima opzione, che consente un utilizzo avanzato del programma, non verr considerata nella presente esercitazione introduttiva; per maggiori informazioni su questo argomento si rimanda alla documentazione ufficiale del programma e sulla destra una pulsantiera con alcuni comandi comunemente utilizzati.

Pymol come Viewer PyMol principalmente un programma per la visualizzazione molecolare, nonostante con esso sia possibile effettuare e soprattutto con gli script in Python con cui pu essere esteso anche diverse analisi strutturali e funzionali sulle molecole indagate.

In questa esercitazione, che non ha la pretesa di esplorare in maniera esaustiva tutte le funzioni del programma, illustreremo solo alcune operazioni comunemente effettuate.

In Pymol possibile caricare una molecola, nellesempio che segue una proteina, in diversi modi.

Uno di questi prevede che il file contenente le coordinate della proteina solitamente, un file di tipo. Il secondo approccio, pi veloce e comodo se si dispone di una connessione attiva e si conosce gi il codice PDB associato alla macromolecola di interesse, prevede lutilizzo di un plugin un programma secondario che amplia le funzioni di quello primario preinstallato in PyMol, chiamato PDB Loader Service accessibile dalla voce Plugin dallExternal GUI.

Una volta selezionato, comparir la seguente finestra: Come esempio digitate al suo interno il codice 1BJ4 struttura cristallografica del monomero della serina idrossimetiltrasferasi umana in complesso con il cofattore PLP e premete Invio.

Dopo alcuni secondi, in base alla velocit della connessione, la struttura apparir sul Viewer: 2 Notate che, insieme alla struttura, nel pannello superiore dellInternal GUI comparsa una nuova linea, chiamata 1BJ4 la riga superiore, all, sempre presente, indica tutti gli oggetti visualizzati.

Prima di esplorare il significato di questa linea, prendiamo confidenza con i movimenti del mouse per utilizzare al meglio PyMol altamente consigliato lutilizzo di un mouse a tre tasti; in questa esercitazione introduttiva saranno analizzati solo i comandi principali del mouse.

Poniamo il cursore nella finestra del Viewer e: mantenendo premuto il tasto sinistro, ruotiamo la molecola; mantenendo premuto il tasto centrale, trasliamo la molecola; mantenendo premuto il tasto destro, applichiamo lo zoom sulla molecola; se il mouse possiede una rotella, ruotandola possiamo nascondere sezioni della molecola attraverso lutilizzo di clipping plane, piani immaginari di fronte e dietro la molecola.

Se clicchiamo con il tasto sinistro su un atomo qualsiasi della nostra molecola, il residuo corrispondente sar selezionato e nel pannello superiore dellInternal GUI comparir una nuova voce, sele: Notate che la selezione del residuo avviene perch il mouse impostato in Selecting Residues voce in basso a destra.

pymol-1.4.1_python pymol-1.4.1 download

Cliccando ripetutamente su questo campo sulla scritta Residues potete ridefinire la selezione come Molecules, Chains, Atoms, Segments e cos via. Se invece clicchiamo con il tasto centrale su un residuo, centreremo la visuale su di esso.

Scarica anche:SCARICA DINER DASH DA

Infine, cliccando con il tasto destro su un atomo non selezionato comparir un men a tendina con lelenco di una serie di azioni queste sono le stesse che si trovano nel pannello dellInternal GUI e saranno discusse pi avanti : Ritorniamo ora alla descrizione delle righe che appaiono all, 1BJ4, sele e cos via nel pannello superiore dellInternal GUI.

Queste linee descrivono gli oggetti presenti e le azioni effettuabili su di essi. Per esempio, se vogliamo far scomparire momentaneamente dal viewer la molecola 1BJ4, sufficiente cliccare con il tasto sinistro del mouse sul suo nome nel pannello superiore dellInternal GUI. Per far riapparire 1BJ4, sufficiente cliccare nuovamente sul nome. Accanto a ogni oggetto dellInternal GUI presente una fila di pulsanti, i quali permettono di: accedere alle azioni che sono eseguite sulloggetto tasto A, actions ; modificare la rappresentazione delloggetto tasto S, show ; nascondere le rappresentazioni delloggetto tasto H, hide ; applicare delle etichette alloggetto tasto L, label ; colorare loggetto tasto C, color; si noti che i colori di base delle proteine sono verde per il carbonio, rosso per lossigeno, azzurro per lazoto, giallo per lo zolfo, bianco per gli atomi di idrogeno e arancione per il fosforo.

Oh no! Some styles failed to load. 😵

Vedremo quindi, di seguito, solo quelle pi comuni. Partiamo con le rappresentazioni: PyMol consente di visualizzare la molecola in moltissimi stili, ognuno personalizzabile attraverso la voce Setting dallExternal GUI in particolare, Edit all. Per esempio, rappresentiamo 1BJ4 come Cartoon, selezionando la voce relativa dal men del tasto S: Vogliamo adesso rappresentare il PLP come bastoncelli stick.

Ce ne sono tantissimi in circolazione, alcuni a pagamento, molti gratuiti, disponibili per ogni piattaforma di PC Windows, Linux, Mac. In questa pagina ve ne indico alcuni: a voi la scelta di quale usare, o la possibilità di cercarne altri.

Ricordate che è importante che il software che scegliete sia capace di interpretare i file in formato PDB protein data bank , quello più storico e diffuso per i modelli delle molecole biologiche.

Rasmol E' forse il programma più 'storico' tra quelli ancora disponibili per visualizzare le molecole. Molto leggero per i PC attuali, consente di fare tutte le operazioni di visualizzazione che possono esservi utili. Ha una interfaccia grafica un po' spartana, ma una finestra per comandi testuali che permette di effettuare operazioni anche molto complesse imparando i comandi di scripting.

Caricato da

Rastop è una evoluzione più user-friendly con GUI di rasmol. La compagnia che lo ha prodotto e lo mantiene, la DeLano Scientific, dice che un quarto delle immagini biologiche in letteratura scientifica sono prodotte dal loro software esempi attorno.

E' un compagnia piccola, che puo' permettersi un solo salario fisso e forse due tra poco. Loro danno il software gratuitamente, e il codice sorgente e' disponibile.

In Debian pymon e' un pacchetto standard che in etch si puo' scaricare facilmente con aptitude.

7. Introduzione a PyMol

Lo si puo' modificare e ridistribure ma sempre citando la compagnia madre. I soldi per loro vengono escvlusivamente dalle libere donazioni degli utilizzatori. Ma non solo in segno di gratitudine, questo non li farebbe sopravvivere facilmente. Gli utenti "paganti" acquistano diritti particolari per avere supporto specifico, e per avere gli ultimi aggiornamenti gia' compilati fermo restando la sorgente sempre aperta da poter compilare, ma non tutti sanno farlo.

Ma sopratutto possono chiedere di sviluppare questa o quella funzione che nel software originale e' mancante, pagando il servizio ai progammatori.


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